Основан группой благочестивых девушек, имевших намерение принять монашество, духовником которых являлся служивший в ц. Св. Софии в Фессалонике архим. Поликарп (Мадзароглу). Узнав, что старец Паисий Святогорец находится в больнице в Фессалонике и ему предстоит удалить бóльшую часть лёгких (1966), архим. Поликарп просил своих духовных чад помочь старцу, и те сдали кровь для операции (Исаак, иером. Житие Старца Паисия Святогорца. М., 20062. С. 187-188). Впосл. старец Паисий помог им найти подходящее место для обители: в нач. 1967 г. по благословению Кассандрийского митр. Синесия (Висвиниса) был приобретен 1-й участок земли близ с. Суроти и построены небольшой соборный храм (кафоликон) во имя ап. Иоанна Богослова и келейный корпус. С дек. 1967 г. старец Паисий прожил в И. Б. м. 2 месяца, оказывая помощь в устройстве киновии. С этого времени он духовно окормлял общину вплоть до своей кончины в 1994 г.
В 1970 г. старец Паисий передал в дар обители мощи прп. Арсения Каппадокийского (канонизирован в 1986). В 1972 г. община получила статус исихастирия (в совр. значении исихастирий - мон-рь, расположенный на частной земле и пользующийся значительной экономической и адм. независимостью от епархиального архиерея). Из-за того что кафоликон не вмещал быстро растущей монашеской общины, здание перестраивалось в 1976, 1979, 1985 и 2003 гг., в т. ч. были добавлены нартекс, галерея и колокольня. Роспись кафоликона начата сестрами в 2007 г.
В 1983 г. 20 монахинь из И. Б. м. во главе с архим. Поликарпом переселились в Макри близ Александруполи в новооснованный мон-рь Успения Пресв. Богородицы (Панагия ту Эвру). В этом же году 3 монахини-сирийки, прожившие 3 года в И. Б. м. для получения опыта монашеской жизни, возвратились в Сирию, где основали мон-рь в Латакии. В 1983-1996 гг. духовником монашеской общины был иером. Григорий (Папасотириу), с 1996 г. по наст. время - иером. Паисий (Кирьяку) из келлии Благовещения Пресв. Богородицы афонского мон-ря Пантократор.
В 1987-1991 гг. близ монастырских ворот был возведен новый кафоликон во имя прп. Арсения Каппадокийского - храм афонского типа с внешним нартексом (лити) и 2 приделами во имя вмц. Евфимии и свт. Григория Паламы (проект: В. и Х. Малиокасы, Н. Муцопулос). Под ним расположены архондарик и церковная лавка, а позади находится могила старца Паисия. В старом кафоликоне ежедневно совершаются службы (кроме зимнего периода, когда богослужение проходит в парекклисионе св. Таксиархов). Монастырские здания расположены на обширной территории, засаженной фруктовыми и хвойными деревьями, для посадки к-рых ввиду каменистой почвы специально привозилась земля. В главном монастырском 3-этажном корпусе (1967, расширен в 1971 и 1974, реконструирован в 1979-1984) размещены кельи, парекклисион св. Таксиархов, трапезная, синодикон (зал для торжественных собраний), иконописная и швейная мастерские, др. хозяйственные помещения.
Справа от ворот находится гостиница (1997-1999), за ней - парекклисион в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник» (70-е гг. XX в.), к востоку от главного монастырского корпуса - кладбищенский храм Всех святых, с южной стороны старого кафоликона - корпус, в котором размещены библиотека, мастерские и кельи. Кроме того, в монастыре были построены кафизмы, мастерские и различные хозяйственные помещения.
В 1996 г. в И. Б. м. подвизалось 52 сестры, в 2009 г.- 67 монахинь (Δίπτυχα. 2009. Σ. 551); с момента основания по наст. время обитель возглавляет игум. Филофея (Самара). Насельницы занимаются иконописанием, золотым шитьем, переводами и изданием книг, в т. ч. сочинений старца Паисия Святогорца.
Святыни: частица Честного Креста Господня, мощи прп. Арсения Каппадокийского, частицы мощей прав. Анны, Трех святителей, свт. Николая Чудотворца, свт. Нектария Эгинского, митр. Пентапольского, и др.
Престольные праздники: дни памяти ап. Иоанна Богослова (26 сент. и 8 мая), равноап. Константина и Елены (21 мая), прп. Арсения Каппадокийского (10 нояб.).